TL; DR: There is an ambiguity, intended by the author, between "do what you wish" and "find your true will" which is important for the development of the main character Bastian.
Long answer:
To answer the question we can look at what the author himself said or wrote about it. The following comment is from a typescript from his literary estate. I quote it according to the German Wikipedia (emphasis mine).
When The Neverending Story was to be filmed, Michael Ende disagreed with director Wolfgang Peterson who wanted to change the inscription in the film to "do what you dream".
"Do what you dream!" Diese Inschrift ist nun wirklich das Gegenteil dessen, was die Botschaft meines Buches meint. Petersen glaubt, dass mein Englisch vielleicht nicht ausreiche, um zu erkennen, dass es sich dabei um die richtige sinngemäße Übersetzung von "Tu, was du willst!" handele. Er vergisst dabei nur – obgleich ich es ihm gesagt habe –, dass der Satz ursprünglich aus dem Englischen stammt, und zwar von dem Schriftsteller Aleister Crowley (gestorben 1947), und dort heißt: "Do what thou wilt" (feierliches Kirchenenglisch). Das "Do what you dream!" ist Petersens Interpretation, und zwar die falsche. Es ist genau der Irrtum, dem auch Bastian unterliegt und um dessentwillen er aus Phantásien nicht mehr zurückfindet. Auch er meint zunächst, es ginge darum, zu tun, was man wünscht, ersehnt, gern möchte. [...] Seinen "Wahren Willen" finden, heißt ganz und gar nicht, zu tun, was man möchte. Diese Formel "Tu, was du willst!" geht über Rabelais bis zum Heiligen Augustin zurück. In Phantásien kann man seinen "Wahren Willen" auch nicht tun, man kann ihn dort nur finden. Eben deshalb führt er einen in die Menschenwelt zurück.
Translation (apologies for my English):
"Do what you dream!" This inscription is really the opposite of what the message of my book means. Petersen believes that my English may not be enough to realize that this is the appropriate translation of "Tu, was du willst!". He only forgets – although I told him – that the sentence originally comes from English, from the writer Aleister Crowley (died 1947), and there it says: "Do what thou wilt" (solemn church English). The "Do what you dream!" is Petersen's interpretation, and it’s the wrong one. It is precisely this error that Bastian also makes and that is why he cannot find his way back from Phantásia. He also thinks at first that it’s about doing what he wishes, longs for, wants to do. [...] Finding one's "True Will" does not at all mean doing what one wants. This formula "Do what you want" goes back via Rabelais to Saint Augustine. In Phantásia you can't do your True Will either, you can only find it there. That's why it leads you back to the human world.